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硝化菌的正确使用方法：将活性污泥池或生物池之进水与出水关闭，并保持曝气状态，PH值调适到5~2之间；按1立方水投放；1公斤的比例，将菌剂一次性全部均匀投入曝气池中，比例可以依污水情况适量增减；持续曝气24小时，使微生物激活。
硝化细菌为好氧菌种，由硝酸菌群、亚硝酸菌群、芽孢杆菌群等组成的硝化菌群。其中主要有亚硝酸菌能将氨(NH3)氧化为亚硝酸盐(NO2)，而硝酸菌能将亚硝酸盐氧化为硝酸盐(NO3)，能有效去除污水中的氨氮。