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样品必须很薄，最常用的是50nm左右的切片。
必须经过固定（戊二醛或者锇酸）包埋（环氧树脂）切片（玻璃刀或者钻石刀）染色（醋酸双氧铀或者柠檬酸铅）等步骤后，要求很好地保持样品的精细结构并且在真空中承受电子束的轰击而不失真。
样品内必须有适合的密度差别已得到最大的物象反差。