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有机磷是蓝藻生长的必须因素，治理蓝藻最直接最根本的办法就是除去有机磷。
实行生态养殖。不用或少用杀虫杀菌药，可经常使用光合细菌或芽孢杆菌，调节水质，维护菌相、藻相平衡。
蓝藻暴发时一定要双管其下，防治结合，重点预防。首先，全池泼洒沸石粉10千克／亩，使之絮凝蓝藻；第二，间隔3—4小时后推荐使用EM菌如利菌多，三环活力源抑制，同时保持水中的溶氧（底加氧2-3亩/瓶），然后使用碧水安（厦门利洋水产）解毒，用量为每瓶2亩，在杀蓝藻的时候蓝藻会释放大量的蓝藻毒素，防止虾蟹中毒。注意使用微生物制剂过程中必须防止蟹池缺氧，天气闷热时不应使用，而使用时则应开动增氧机；第三，平衡氮磷比例，通过泼洒无机磷改变氮磷的比例，加快培育绿藻和硅藻等有益藻类快速生长成为优势藻种来抑制蓝藻生长，从而改善蓝藻过度繁殖的状况。