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杂交水稻不是转基因。杂交水稻是采用两种亲本，将两者进行结合然后培育出来的水稻品种，可以改变水稻的基因，从而提高优良性，具有更好的抗虫抗病能力。
杂交就是两种亲本的结合，举个简单通俗的例子，就是类似于和黑人结婚。但是，转基因是把某种抗虫基因或者抗病基因打入一种水稻基因蛋白中，从而改变这株水稻的基因，让水稻具有抗虫抗病的能力。
杂交水稻指选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种，进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，用于生产，这就是杂交水稻。杂种优势是生物界普遍现象，利用杂种优势提高农作物产量和品质是现代农业科学的主要成就之一。
转基因作物，是利用基因工程将原有作物的基因加入其它生物的遗传物质，并将不良基因移除，从而造成品质更好的作物。利用转基因技术可以改变动植物性状，培育新品种。也可以利用其它生物体培育出人类所需要的生物制品，用于医药、食品等方面。转基因大豆，转基因棉花（抗虫棉）这两种是种植最广泛的转基因作物。