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生产厂家不同
三针新冠疫苗是科学院微生物研究所和安徽智飞龙科马生物制药有限公司联合研发的重组新冠病毒疫苗（CHO细胞）。两针新冠疫苗为灭活疫苗，目前国内有三款，分别是国药中生北京公司、国药中生武汉公司、北京科兴中维公司这三家生产的。
接受度不同
三针新冠疫苗在最近多个省份已经投入接种。两针新冠疫苗主要是在前期疫苗接种的时候有大量使用，目前也仍在使用之中。
接种时间不同
三针新冠疫苗的接种时间需要在6个月内完成，相邻2剂之间的接种间隔建议≥4周，第2剂尽量在接种第1剂次后8周内完成，第3剂尽量在接种第1剂次后6个月内完成。两针新冠疫苗中其中科兴新冠疫苗首剂与第2剂之间的最短时间间隔2周以上，国药中生北京公司的首剂与第2剂之间要在3周及以上，这两者都是建议第2剂在首剂接种后8周内尽早完成。